1999年以來，商務部會同中宣部、科技部、財政部、鐵道部、交通部、衛生部、國家工商總局、國家環保總局、國家食品藥品監管局、國家認監委、國家標準委等十二部門聯合實施了以“提倡綠色消費、培育綠色市場、開辟綠色通道”為主要內容的“三綠工程”。為全面掌握實施情況，更好地貫徹《國務院關于進一步加強食品安全工作的決定》(國發[2004]23號)精神，商務部組織全國城市農貿中心聯合會、中國連鎖經營協會對流通領域食品安全狀況進行了為期兩個月的調查。形成了《我國流通領域食品安全狀況的調查報告》(以下簡稱《調查報告》)。
《調查報告》顯示，三綠工程實施五年來，取得了明顯成效。主要表現在：一是上市食品安全狀況總體好轉。據有關部門監測，我國食品內在衛生質量有了明顯改觀，食品衛生平均合格率2001年為88.6％，2002年為89.5％，2003為90.45％，2004年預計為92%左右，呈逐年上升態勢。二是市場食品安全檢測工作得到加強。企業自檢、社會中介機構受托檢測和政府部門監督抽檢三道“防線”基本形成。據調查，全國年銷售2億元以上的農副產品批發市場普遍實行了自檢制度，農副產品批發市場中，42.6％設立了檢測室，55.1％配備了專職檢測人員；連鎖超市中，73%配備了食品安全管理人員和操作人員；三是市場食品安全準入制度得到實施。調查顯示，食品安全的國家標準普遍推行，其中32%的企業采用了國際標準；農副產品批發市場中，4.45％通過了ISO9000等國際通行的質量管理體系認證，27.11％設立了無公害產品專區，16.31％設立了綠色食品專區，6.14％設立了有機食品專區，三者相加近50％；超市公司中，注重食品安全基礎建設的占91%，建立加工食品安全制度的占73%，注重環境因素的占59%，實行食品衛生安全崗位責任制的達91%，把食品安全指標量化并作為考核依據的達86%。2004年，全國32.9萬家食品經銷企業中，有15.1萬家建立了進貨驗收制度，14.5萬家建立了購銷臺賬制度，11.9萬家建立了銷售食品質量承諾制度；四是食品流通基礎設施得到明顯改觀。農副產品批發市場中，建有冷庫的占38.56%，其中上海高達52.4%；27.9％配備了速測儀，10.59％配備了色譜儀，3.6％購置了檢測車；43％配備了污物處理設備；24.79%建立了配送中心。90%以上的連鎖零售企業建有配送中心，截止2004年6月末，我國限額以上連鎖零售企業配送中心已達2845個；五是消費者食品安全意識顯著增強。消費者選擇食品標準從優先考慮價格轉向價格與質量并重，消費者對食品安全的自我保護能力增強。消費者中，85%關注食品保質期，72%關注蔬菜和水果的農藥殘留量，55%關注食品的細菌超標問題以及包裝材料、食品添加劑含量等有關因素；47.9%關注相關檢驗證明，22.3%關注食品的色澤、外觀； 70.4%希望購買無公害農產品，56.4%愿意選擇綠色食品，52.4%希望選擇安全食品， 22.3%希望選擇有機食品。在遇到食品安全問題時，向有關理部門申訴、提請仲裁機構仲裁、請求消費者協會調解、向人民法院起訴、與生產經營者協商的比例分別為68.4%、54.1%、48.7%、30.3%和14.7%。
《調查報告》顯示，目前我國流通領域食品安全仍存在以下問題。一是上市食品超標問題依然存在。目前，食品衛生平均不合格率仍達8%左右，蔬菜農藥殘留超標率為7％，畜產品“瘦肉精”檢出率為1.2％。據對7萬多家食品市場檢查，發現不合格散裝食品19萬多公斤，病害肉40多萬公斤，假冒偽劣酒類案件9.5萬件。二是流通領域食品安全法律法規缺失�？偟目�，商品流通過程中的法律條款仍相對粗疏。食品很多都是鮮活產品，從生產到銷售過程中保鮮、貯藏等要求較高，應有相應的法律規定。此外，市場準入是一項行之有效的辦法，但這項制度的實行尚缺少上位法的支持。目前，食品安全管理主要還是靠行政管理，亟需完善相應的法律法規。三是食品安全標準體系不夠完善。我國有食品質量標準近3000個，而與流通有關的標準僅有100余個，相比于生產和加工標準數量差距甚大，流通過程保障食品安全的標準嚴重不足，即使食品生產質量合格，也難保不在流通環節出現質量安全問題。四是食品流通檢測及環保體系仍不健全。調查顯示，全國5萬多家食品零售企業中建立檢測中心的不足1％，全國2.6萬家農貿市場配有垃圾處理設備的不足1‰；消費者對任何一類食品安全性的信任度均低于50％。此外，檢測體系不健全，還表現為各部門的檢測工作缺少協調，檢測力量缺乏整合，檢測資源不能共享，快速檢測的技術手段落后。五是食品安全信用體系建設亟待加強。我國社會信用體系建設剛剛起步，食品安全方面的信用體系建設仍相對滯后，該領域的企業信用數據的征集工作也處在小范圍嘗試階段。因此，從總體看，掌握企業食品衛生質量的信用狀況難度仍然很大，很難起到消除信息不對稱，褒揚守信者，遏制失信者，追溯責任方，形成誠信經營氛圍的作用。
下一步商務部將采取積極措施，加強流通領域的食品安全工作。一是加強法制建設，研究制定《食用農產品市場準入管理辦法》；二是加強政策引導，大力發展現代流通方式，加快農貿市場升級改造步伐，推行“場廠掛鉤”、“場地掛鉤”；三是加快推進綠色市場認證步伐；四是完善檢測體系和檢測制度；五是進一步完善食品安全信用檔案；六是加大宣傳力度，繼續開展“三綠工程宣傳月”活動，定期舉辦“中國三綠工程博覽會”，積極推進綠色消費進社區；七是加強監督檢查，形成有效的社會輿論監督機制；八是發揮中介組織的作用，在誠信建設、規范經營行為等方面形成自律機制。